अयातुल्ला अली खामेनेई ने 1980-81 में 41 साल की उम्र में भारत का दौरा किया था. वह कर्नाटक के बेंगलुरु और अलीपुर और कश्मीर में श्रीनगर आए थे. इस दौरान उन्होंने एक अस्पताल का उद्घाटन किया और एक सुन्नी मस्जिद में जुमे की नमाज अदा की. बाद में 2012 में मनमोहन सिंह से मुलाकात के दौरान उन्होंने भारत की धार्मिक विविधता और गांधी, नेहरू जैसे भारतीय नेताओं की सराहना की.